Running Folding@home

从Rosetta@home到Folding@home 先从主要的原理入手,Rosetta@home只是预测能够Binding Covid-19外层刺突蛋白的人工合成药物的分子结构,可以想象成类似摄影中的拍照技术,Rosetta能够静态的预测某一个蛋白质的特征,但是它无法预测该蛋白质分子在时间的演化下是如何运作的,因为分子之间会有电势差异,产生电磁力的作用,所有分子内部的构成元素都会随着时间的变化相互影响而产生运动,当我们在Rosetta中设计出一种能够绑定SARS-COV-2病毒的合成药物时,需要进入测试阶段,观察该药物是否能稳定的与病毒蛋白质结合,因为预测的结构是静态的,我们无法知道蛋白质结构在相互作用运动的情况下是否能够很好的与病毒蛋白质结合,这里Folding@home就派上用场了,它就类似于摄影中的拍摄动态画面,我们可以从Rosetta@home上拿到静态的蛋白质结构链,然后在Folding@home中模拟该蛋白质随着时间的推移是否能够很好的与病毒蛋白质结合,从而产生抵抗病毒的作用。 加入计划 我会关闭之前一直在运行的Rosetta@home,目前Rosetta@home已经发表了论文,预测出了能够结合SARS-COV-2的人工蛋白质结构,所以现在需要做的就是进行大量分子动力学模拟,并且Folding@home已经支持ARM64架构,我会把自己运行的算力全部迁移到Folding@home,期望全世界的感染人数能够降下来,使得经济能够复苏。

October 22, 2020

蛋白质折叠基础 - 1

蛋白质的组成 蛋白质基本上就是一部分子机器,对生命的支撑起着关键作用。 蛋白质属于高分子聚合物,是由氨基酸残基组成的多肽链。 蛋白质在工作过程中,它的三维结构即多肽链的结构是以严格确定的方式折叠起来的。 蛋白质折叠结构中分为 一级 -> 四级 结构 组成多肽链的氨基酸序列决定了蛋白质的三维结构,即蛋白质的一级结构决定了蛋白质的三维结构 蛋白质的生产过程 蛋白质的基本组成单位 - 氨基酸 氨基酸的维基百科 基本的20种氨基酸名称结构和表达式: 氨基酸的基本结构: 可以分为 氨基(NH2),羧基(CO2H),侧链(R) 蛋白质构象 Rosetta 蛋白质折叠

May 22, 2020